請求確定の際に「エラー分を除く」を選択した場合、レセコンでエラー分の訂正後は、訂正後のレセプトデータのみ送信するのでしょうか。それとも、請求確定したレセプトデータも含めて再送信するのでしょうか。

一度請求確定したものについては、再度送信して請求確定を行うと重複して受付することとなるため、訂正後のレセプトのみを送信してください。なお、エラー件数分のレセプトを再送信できます。